Denizyolu ulaşımı Çanakkale-Eceabat, Lapseki-Gelibolu, Bozcaada-Yükyeri ve Çanakkale-Gökçeada arasında İl Özel İdaresine ait gemilerle GESTAŞ tarafından yapılmaktadır.Ayrıca Çanakkale-Kilitbahir ve Lapseki-Çardak arasında özel sektöre ait feribotlarla taşımacılık yapılmaktadır. İç hat deniz geçişi seferlerinde iyileştirme ve geliştirme çalışmaları devam etmektedir.